Embora tenha defendido o sistema de separação de brancos e negros durante a sua carreira política, era visto como uma figura liberal e até reformista. Na transição, foi ministro no primeiro governo pós-apartheid liderado por Nelson Mandela, que elogiou por ser uma figura dedicada à conciliação.
Em 1986, Pik Botha previu que o país poderia, um dia, ter um Presidente negro – uma hipótese na altura tão pouco considerada que levou a uma crítica do então Presidente, P.W. Botha (apesar de partilharem o apelido, os dois não tinham relação de parentesco). “Desde que consigamos concordar num modo adequado de proteger os direitos da minoria (…) então irá um dia possivelmente ser inevitável que no futuro se possa ter um Presidente negro deste país”, disse então.
Botha tinha a tarefa de defender um regime cada vez mais criticado no palco internacional e um governo cada vez mais isolado e sujeito a sanções internacionais e boicotes, enquanto no plano interno impunha estado de emergência e tentava desestabilizar países vizinhos.
Em pano de fundo estava ainda a Guerra Fria, com o mundo dividido entre alinhados com os EUA e com a União Soviética: vários países na região, como Angola ou Moçambique, estavam do lado de Moscovo, e a África do Sul tentava apresentar-se como um bastião de resistência à expansão comunista.
Nas suas conquistas, Botha conta com a negociação de um acordo de paz que acabou o envolvimento da África do Sul em Angola, onde tropas cubanas defendiam o regime marxista.
Este desenvolvimento abriu caminho a outro acontecimento significativo, a independência da Namíbia em 1990 – o país tinha também um governo que impunha apartheid e estava há décadas sob controlo de Pretória.
Em 1994, a previsão de Botha confirmou-se e Nelson Mandela tornou-se o primeiro Presidente negro da África do Sul. Botha foi então, durante dois anos, ministro dos Minerais e Energia num governo de unidade nacional liderado por Mandela.
Depois de deixar o governo, resumiu o país pós-apartheid: “A África do Sul é bastante avançada graças aos esforços de tanto negros como brancos; precisam uns dos outros. Eu costumava dizer que somos como uma zebra: se atingires a parte branca, ou a negra, do animal com uma bala, ele irá morrer.”
